《工业微生物》目前不属于现行“核心期刊”体系中的核心期刊，但曾入选过早期的北大核心期刊目录。
 

历史收录情况：该刊曾入选北京大学《中文核心期刊要目总览》的1992年（第一版）、2000年版和2004年版，属于早期的“北大核心”期刊。
当前期刊定位：目前该刊被认定为国家级期刊、SCD目录期刊（中国科学引文数据库扩展库来源期刊），并被知网、万方、维普等主流数据库收录。
 由于北大核心期刊目录每4年评定一次，该刊未能进入2008年及之后的最新版核心目录，因此按现行标准不属于核心期刊，但在工业微生物领域仍具有一定的学术权威性和影响力。