《工业微生物》期刊的级别为国家级。

该期刊由国家新闻出版总署备案，主管单位为中国轻工业联合会，主办单位是全国工业微生物信息中心、上海工业微生物研究所，属于国内外公开发行的学术期刊。

需要注意的是，虽然该期刊被知网、维普、万方等数据库收录，但根据公开信息，它目前未被列入北京大学《中文核心期刊要目总览》最新版（如2023年版）的核心期刊目录，也不属于中国科学引文数据库（CSCD）核心库期刊。